Imin vs Yenny

Gus Dur menjadi presiden pada 1999 dan kemudian dilengserkan di tengah jalan pada 2001. 

PKB kemudian lebih banyak direpotkan oleh perseteruan internal, dimulai dengan pemecatan Matori Abdul Jalil yang dianggap terlibat dalam persekongkolan melengserkan Gus Dur pada Sidang Istimewa MPR 2001.

Kendati sudah digerogoti konflik internal, PKB masih tetap bisa mempertahankan posisi ke-3 pada pemilu 2004. 

Prestasi ini menunjukkan bahwa PKB adalah partai yang mendapat dukungan solid dari warga nahdliyin. 

Konflik-konflik internal tidak memengaruhi perolehan suara PKB yang tetap stabil bersaing dengan partai-partai besar.

Puncaknya terjadi pada 2005. Muktamar PKB di Semarang memilih Muhaimin Iskandar sebagai ketua umum yang baru, dan Gus Dur duduk sebagai ketua Dewan Syura. 

Komposisi ini dianggap ideal karena Imin adalah keponakan Gus Dur yang secara khusus dikader oleh Gus Dur supaya menjadi matang dalam gerakan politik.

Namun, menjelang Pemilu 2009, internal PKB kembali bergolak. Cak Imin dipecat dari jabatannya karena dianggap melakukan manuver dengan mendekati istana pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).