Imin vs Yenny

Cak Imin dan para pendukungnya tidak terima, kemudian mengajukan gugatan terhadap Gus Dur ke pengadilan. 

Imin bisa melakukan konsolidasi dengan cepat dalam empat tahun terakhir dan mulai berani menantang Gus Dur dengan melemparkan isi Muktamar Luar Biasa (MLB). 

Kedua belah pihak yang berseteru menggelar MLB sendiri-sendiri. Kubu Gus Dur di Bogor dan rombongan Imin melaksanakan muktamar di Hotel Mercure Ancol sehari berselang. 

MLB Ancol memutuskan Cak Imin kembali duduk sebagai ketua umum PKB, sekaligus mencoret Yenny Wahid dari jabatan sekretaris jenderal PKB dan digantikan oleh Lukman Edy. Posisi Gus Dur sebagai ketua Dewan Syuro juga digusur, digantikan oleh KH Aziz Mansyur. 

Putusan PTUN makin menguatkan penguasaan kubu Cak Imin atas PKB. Setelah banding sampai ke Mahkamah Agung (MA) diputuskan bahwa PKB Imin adalah sah dan Gus Dur praktis kehilangan partai yang dibidaninya. 

Menurut Alissa Wahid, purti sulung Gus Dur, sejak keputusan MA itulah kondisi kesehatan Gus Dur makin merosot. 

Gus Dur mengalami stroke ketika berada di kantor PBNU. 

Gus Dur memilih diam dan perlahan, tetapi pasti mulai meninggalkan kancah politik hingga akhir hayatnya pada 2009.