Kembali ke Spanyol, Cuper Latih Santander

Selain satu gelar Piala Super Spanyol pada 1999, Cuper juga dua kali membawa Los Che, julukan Valencia, melaju ke final Liga Champions. Torehannya yang membuatnya disebut sebagai Mr. Runner-up, lantaran sering final, tapi gagal juara.

Setelah terhitung cukup sukses di Valencia, Cuper membuat presiden Inter Milan Massimo Moratti terpikat. Dia akhirnya mendarat di Giuseppe Meazza pada 2001. Sayang, dia gagal mengulang cerita manis di Inter dan dipecat pada 2003.

Dia sempat balik lagi ke Mallorca pada 2004, tapi pada periode keduanya, Cuper tidak begitu sukses. Meski begitu, dia mampu bertahan selama dua musim setelah akhirnya memutuskan pindah ke Real Betis selama semusim dan Parma selama semusim.

Selepas dari Parma, Cuper ditunjuk melatih timnas Georgia. Hasilnya, sama sekali Georgia tidak pernah menang ketika ditanganinya. Akibatnya, kontrak Cuper tidak diperpanjang. Namun, dia langsung mendapatkan tawaran dari Aris.