Mengusik Tahta Jogja dari Istana

Karena kuatnya desakan masyarakat DIY, akhirnya Presiden BJ Habibie menetapkan Sultan HB X sebagai Gubernur DIY periode 1998-2003. Namun ia tanpa didampingi wakil gubernur lantaran proses suksesi di Puro Paku Alam tidak berlangusng mulus paskameningalnya Paku Alam VIII.

Polemik tata cara pengisian Gubernur DIY muncul lagi ketika masa jabatan Sultan HB X berakhir pada 2003. Karena UU Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang mengatur Kepala Daerah dipilih oleh DPRD sudah diberlakukan, maka DPRD DIY ingin posisi Gubernur diisi melalui pemilihan di DPRD.

Namun sekali lagi, masyarakat menghendaki agar Sultan HB X dan Sri Paduka PA IX ditetapkan menjadi Gubernur dan Wakil Gubernur. Presiden Megawati pun akhirnya menetapkan Sultan HB X dan Sri Paku Alam XI sebagai gubernur dan Wakil Gubernur DIY periode 2003-2008.

Seiring perjalanan waktu, pada Oktober 2008 masa jabatan Sultan HB X dan Sri Paku Alam IX sebagai Gubernur dan Wakil Gubernur DIY berakhir. Presiden Susilo Bambang Yudhoyono membuat keputusan tentang perpanjangan masa jabatan Sultan HB X dan PA IX sebagai Gubernur dan Wakil Gubernur DIY selama tiga tahun.