Ponpes Al Ma'hadul Islam Yapi di Pasuruan, Sehari setelah Diserang Massa

Muchsin menjelaskan, pihak pondok memberikan pemahaman terhadap semua ajaran Islam. "Kami memberikan wacana-wacana ajaran yang ada dalam Islam. Intinya, tidak berbeda jauh dengan yang diajarkan pesantren yang lain. Kami juga mengedepankan toleransi," jelasnya. Model pengajaran yang menjunjung tinggi semangat toleransi terhadap berbagai macam mazhab dan aliran yang ada dalam Islam menjadi ciri Ponpes Yapi sejak didirikan.

Ponpes tersebut didirikan pada 1973 oleh (alm) Ustad Husein Habsyi bin Abu Bakar. Merunut dari sejarah pondok tersebut, awalnya Yapi didirikan di Bondowoso. Namun, pada 1976, Ponpes Yapi berpindah ke Bangil, Pasuruan, bersamaan dengan kepindahan sang pendirinya. Di Bangil, Ponpes Yapi dibagi dua, Yapi putra berada di Desa Kenep, Kecamatan Beji dan Yapi putri di kecamatan Bangil.

Data yang dihimpun Radar Bromo menyebutkan, Ustad Husein Al Habsyi sebenarnya orang Surabaya yang lahir pada 21 April 1921. Berdasar sejarah yang dimiliki ponpes, ayah Husein bernama Sayid Abu Bakar Al Habsy yang mempunyai garis keturunan dengan Sayid Ali Al Uraidy, putra Imam Ja'far Shodiq.

Namun, saat kecil Ustad Husein ditinggal wafat sang ayah. Dia pun sejak kecil diasuh oleh pamannya, Ustad Muhammad Baraja. Ustad Husein mengenyam pendidikan dasar di Madrasah Al Khairiyah, Surabaya. Setelah lulus, Husein mengajar di Madrasah Al Khairiyah bersama kakaknya, Ustad Ali Al Habsy. Lantas, mereka hijrah ke Penang, Malaysia. Di sana mereka berguru kepada Ustad Abdul Qadir Balfaqih, Syeh Muhammad Robah Hassuna (seorang ulama dari Qolili, Palestina, yang berkhidmat mengajar di Madrasah Al Khairiyah), Al Habib Alwi bin Thahir Al Haddad (mufti Kerajaan Johor Bahru, Malaysia, di masanya), dan Assayid Muhammad Muntasir Al Kattani (ulama dari Maghribi, Maroko).