Ponpes Al Ma'hadul Islam Yapi di Pasuruan, Sehari setelah Diserang Massa

Di Johor, Husein juga sempat mengajar di Madrasah Al Athhas. Setelah mengajar cukup lama di Malaysia, Husein menikah dengan Fatimah. Lantaran saat itu terjadi peristiwa politik semasa penjajahan Inggris di Semenanjung Malaysia, akhirnya Husein meninggalkan Malaysia dan kembali ke kampung halamannya di Surabaya. Di Surabaya dia mulai menjalankan aktivitas dakwah dan banyak berkecimpung di dunia politik. Dia pernah menduduki kepengurusan di Partai Masyumi bersama M. Natsir.

Setelah tidak berkecimpung dalam dunia politik, Husein memilih mendirikan lembaga pendidikan Islam. Husein dalam sejarah ponpes disebutkan, pola yang diajarkan di lembaga pendidikannya adalah anti-Barat dan antisekularisme. Dari sejarah ponpes juga disebutkan, Ustad Husein pernah mendekam di penjara. "Fitnah demi fitnah dilontarkan oleh pihak-pihak yang tidak menyukai beliau dan misi Islam yang sedang beliau perjuangkan. Akibatnya, tidak jarang beliau harus berhadapan dengan penguasa pada zaman itu hingga dijebloskan ke penjara." Demikian cuplikan dari profil sejarah singkat Ponpes Yapi.

Menurut Ali Ridho, Ustad Husein adalah sosok yang mempunyai toleransi keberagaman yang cukup tinggi. Dia menjelaskan, di Ponpes Yapi, beberapa santri berbeda mazhab. Termasuk mazhab Syiah. "Jangan heran, kalau di masjid, pemandangannya cukup beragam saat salat. Kami sangat toleran dengan perbedaan itu," jelas Ridho.

Karena cukup beragam itulah, menurut Ustadz Muchsin, sebagian santrinya bermazhab Syiah. "Tetapi, kalau secara lembaga, kami ini lembaga pendidikan. Tidak terpaku kepada satu mazhab," bebernya.